Phantom Brave: The Lost Hero знакомит с Мароной, юной девушкой со способностью общаться с духами усопших. Она путешествует по океаническому игровому миру Ивуар вместе с призраком Эшем, оказывая содействие жителям на своем пути. Их странствия прерываются нападением флота кораблей-привидений, что приводит к разлуке Мароны с Эшем. Это событие дает старт ее походу против морских агрессоров.

В Phantom Brave: The Lost Hero Марона заключает альянс с новой спутницей Априкот после столкновения с призрачным флотом. Их общая задача смещается к поиску легендарной команды, ранее одолевшей этих спектральных противников. Игроки направляют юнитов в сражениях этой стратегической ролевой игры, используя систему Confine; эта механика призывает завербованных призрачных союзников через привязку их эссенций к физическим предметам на локации. Окружение в тайтле использует карты без сетки, облегчая размещение отрядов благодаря свободному перемещению по местности в пошаговых столкновениях.

Предстоит формировать свой боевой отряд, выбирая из более чем 50 различных типов существ, доступных для найма. Механика Confine напрямую влияет на характеристики духа в бою, которые меняются в зависимости от конкретного предмета, занимаемого его эссенцией на поле битвы. Призрачные сущности также могут объединяться со специальными гаджетами для получения доступа к атакам с медленным исполнением, но значительным воздействием. Кроме того, Марона способна напрямую сливаться с духами посредством процесса Confriend, что изменяет ее облик и открывает особые приемы для использования в сражениях.