Отправляясь на поиск приключений в Core Keeper, происходит погружение в атмосферу неизвестности, требующей исследования от лица археолога, который желает обнаружить как можно больше новых реликвий и древних артефактов. Очнувшись в незнакомой местности, напоминающей пещеру, протагонисту предстоит побираться сквозь разнообразных монстров и препятствия, мешающие продвижению, ради выполнения поставленных целей.

Взяв под управление главного героя, который оказывается в пиксельном мире, наполненном духом авантюр и драгоценными сокровищами, приходится выживать и изучать опасную окружающую среду. В Core Keeper выполнено смешение геймплея в сторону добычи ресурсов и полезных ископаемых, которые позволяют улучшать и развивать протагониста. Игрокам доступна возможность построить и облагородить свою собственную базу, где можно отдохнуть и заняться крафтом предметов, необходимых для жизни или продвижения по сюжетной линии повествования, выполненной в виде поступающих поочередно задачек.

Перемещаясь по локациям и обнаруживая различные компоненты окружения, можно активно взаимодействовать и подбирать предметы, для дальнейшей переработки в более полезные ресурсы, пригождающиеся во время защиты укреплений исследователя или сражений с монстрами. Путешествовать предстоит с целью нахождения старинных ценностей, которые желает заполучить персонаж.