Nova Hearts стартует с загадочного космического события, которое одаривает жителей города Вермиллион необычными силами, порождая новых героев и злодеев. В центре сюжета этой игры — Люс, возвращающаяся в родные места, чтобы забыть о прошлом, но внезапно обнаруживающая у себя пробудившиеся способности. Объединившись с напарниками Уиллом и СиДжеем, она формирует отряд, чтобы дать отпор надвигающейся опасности и выяснить причину происходящих метаморфоз.
Геймплей Nova Hearts искусно совмещает формат визуальной новеллы с тактическими пошаговыми битвами. Игроку предстоит одновременно управлять личной жизнью Люс, её отношениями с окружающими, и вести стратегические сражения. Сюжет в этой игре напрямую зависит от ваших решений: выбирая варианты в диалогах, вы будете формировать и изменять связи главной героини с девятью другими персонажами через личные встречи и переписку. Это позволяет выстраивать самые разные отношения — от крепкой дружбы до романтических увлечений, развивать историю от привязанности к любви, сближаться с бывшими противниками или поддерживать лёгкие, ни к чему не обязывающие связи. Параллельно вам предстоит участвовать в тактических столкновениях, построенных на принципах пошаговой стратегии.