Rogue Command - стратегия с элементами рогалика и карточной игры. Необходимо собирать ресурсы, формировать уникальную колоду карт и сражаться против роботов. Собирая армию, требуется изучать тактику врага, чтобы нанести ему сокрушительный удар. Исследуя локации, необходимо добывать ресурсы, чтобы строить здания и нанимать юнитов. Есть заводы, вспомогательные постройки, турели и особое оружие массового поражения. Например, в Rogue Command есть суперсила под названием нанотьма. Она способна соркшить толпы врагов или поднять павших солдат из мертвых.

Можно использовать окружение в своих целях. Например, загнать противника в густой туман, чтобы нанести неожиданную атаку. На локациях есть электрические сгустки, станящие противоборствующую армию. В сундуках и на древних руинах можно отыскать усиления и различные забытые технологии. Представлено более 20 процедурно-сгенерированных карт. В сражение потребуется вступить с 25 различными видами врагов. Каждый юнит имеет свои уникальные особенности. Стратегия и стиль боя зависит от собранной колоды. Есть герои, обычные воины, техника и множество вспомогательных карт, определяющих тактику в бою. Есть сотни различных вариаций тактик и стилей, которые можно применить против вражеского отряда. Визуальная часть игры представлена стильной низкополигональной стилистикой.