The Fool's Apprentice — это игра, в которой вы становитесь Арканистом Тарном, управляющим собственной школой волшебства. Ваша задача — руководить учениками, применяя к ним различные заклинания для контроля над их обучением и действиями. В арсенале манипуляций — левитация, управление разумом, стирание памяти и принудительное перемещение через порталы; выживание подопечных в этом процессе не является обязательным условием. Главная цель игры — направлять этих неопытных студентов к тем результатам, которые определили вы сами.

В игре The Fool's Apprentice центральное место занимает создание и управление Тайной Консерваторией. Вам предстоит строить исследовательские комплексы, улучшать магические рабочие места с разной степенью опасности и открывать новые направления в Арканонауке — гибриде волшебства и инженерии. Стратегические решения также включают похищение жителей города Голрион для проведения экспериментов. Действия, предпринятые в стенах Консерватории, напрямую влияют на город и на то, как общество воспринимает эту новую эру объединённой науки.

Вам постоянно придётся решать моральные дилеммы, принимая решения, которые влияют на развитие маго-механических дисциплин. Создание эффективной учебной среды требует выбора конкретных магических направлений и обустройства рабочих станций. Кроме того, необходимо управлять общественным мнением в Голрионе, поскольку сокрытие научных достижений может вызвать волнения среди горожан. Вам предстоит решить: подавлять амбиции своих учеников или, возможно, делиться знаниями с народом.