В The Little Tomb: The Maholova Club and the Search for a Dead Body юноша, верящий, что он, Кофун, — старая японская гробница, отправляется на поиски трупа для захоронения внутри себя. Сюжет строится вокруг списка дел, а само повествование берет начало в парке, где обитает герой. Путешествие Кофуна во внешний мир инициирует Ханива — энергичная погребальная глиняная скульптура. Этот спутник нередко действует импульсивно, подталкивая главного героя к новым открытиям за пределами игровой площадки в процессе достижения их общей цели.

The Little Tomb: The Maholova Club and the Search for a Dead Body предлагает систему, в рамках которой игроку предстоит управлять Кофуном и взаимодействовать с элементами окружения для сбора Очков Действия. Эти очки служат валютой для прокачки персонажа. Геймеры тратят их на получение новых умений или подсказок, помогающих в решении возникающих головоломок. Данная механика символизирует познание Кофуном мира, при этом обретение способностей напрямую зависит от внимательного исследования локаций.

Сюжет развивается по мере того, как Кофун исследует новые локации и знакомится с различными персонажами, причём каждое такое знакомство способствует его личностному росту в этом приключении. Основной мотивацией героя остается миссия по поиску мертвеца и исполнению своего предназначения — стать усыпальницей в форме замочной скважины. Главная интрига всей игры заключается в том, удастся ли ему в конце концов отыскать останки и достичь своей цели, став для кого-то подходящим местом последнего упокоения.