Yokai Landlord: Monster Mystery! предлагает игроку примерить на себя роль нового управляющего, который неожиданно унаследовал многоквартирный дом. Анонимный информатор предупреждает главного героя о том, что среди обычных жильцов скрываются Ёкаи. Основная цель игры — выявить этих мифических существ, маскирующихся под людей, и начать расследование нужно сразу после получения первой загадочной записки на территории владения.

Сюжет Yokai Landlord: Monster Mystery! разворачивается поэтапно, связывая несколько глав в единую историю. С продвижением по сюжету игра вводит смену времён года, новых жильцов и разных Ёкаев, которые занимают освободившиеся квартиры. На каждом этапе необходимо собирать информацию, вычислять сверхъестественного соседа, предъявлять доказательства и выселять его. Ключевые загадки повествования касаются причин, по которым Ёкаи проникли в дом, и мотивов таинственного осведомителя.

Игровой процесс сосредоточен на общении с жильцами для сбора деталей, которые помогут разоблачить Ёкаев. Жители обращаются к вам-домовладельцу с жалобами, просьбами или просто ведут беседы. Через эти диалоги герой получает информацию, необходимую для раскрытия тайны. Нестыковки или странные замечания в разговорах могут стать ключевыми уликами, поэтому в этой игре так важно внимательно слушать каждого собеседника.