Игра Breath of Fire 4 выделяется среди других JRPG уникальным подходом к повествованию. Игроку дается возможность управлять как главным героем, так и его противником, а их сюжетные линии постоянно сменяют друг друга. Знание предыдущих игр серии не требуется, поскольку эта часть является хронологическим приквелом.

События разворачиваются в фэнтезийном мире, где живут люди, зверолюди и мифические создания. Между империей Фоу и восточными королевствами вспыхивает война. Протагонист Рю сопровождает принцессу Нину из королевства Виндия в поисках ее пропавшей сестры Эллины. Параллельно пробуждается Фоу-Лу, легендарный первый император, основавший воинственную империю. Оба ключевых персонажа игры Breath of Fire 4 могут превращаться в драконов, и в итоге их пути неизбежно пересекутся. В игре реализована система, напоминающая достижения: встречая мастеров, члены отряда могут обучаться у них новым умениям. Для дальнейшего обучения учителя дают задания — например, нанести определенный урон за один удар, провести в игре заданное количество часов или найти определенные предметы. Кроме того, персонажи иногда осваивают навыки прямо в ходе битв.

Боевая система выполнена в классическом пошаговом формате. Участники боя могут атаковать, применять заклинания или использовать предметы. Элементальная система магии позволяет создавать комбинации заклинаний. После победы персонажи получают опыт и повышают уровень, максимальный из которых — 50. При росте уровня увеличиваются такие параметры, как сила атаки, ловкость, защита и интеллект. В отряд можно взять до шести персонажей, но непосредственно в бою участвуют только трое. Каждый спутник (Край, Циас, Урсула, Ершин и другие) обладает уникальным умением для исследования мира — например, полетом или передвижением тяжелых объектов. Помимо сражений и общения с NPC, в игре доступны мини-игры: выращивание фей, рыбалка, прятки, строительство деревни, ловля петуха, морские путешествия и другие развлечения. Также есть возможность поиска сокровищ. Перемещение между крупными локациями происходит по глобальной карте мира.