Excidio The Kaiju Simulator ставит задачу по масштабному опустошению городов от лица гигантского монстра. Игроки берут под контроль кайдзю для сноса строений в полностью интерактивной, основанной на физике песочнице. Здания обращаются в руины под натиском чудовища, проходящего сквозь городские пейзажи. Основное противодействие оказывают военные силы и вражеские монстры, пытающиеся остановить его разрушительное шествие по различным локациям.

Конечная цель — уничтожить знаковые объекты и подавить любое сопротивление. Игровой процесс в Excidio The Kaiju Simulator строится вокруг двух основных режимов. Аркада представляет собой испытание на выживание, где игроку предстоит улучшать своего подопечного в условиях постоянного натиска противников. Песочница, напротив, даёт возможность самостоятельно настраивать условия для опустошения мира без каких-либо конкретных задач.

PvE-сражения занимают центральное место в обоих случаях, сталкивая существо юзера с военными отрядами и другими враждебными кайдзю, стремящимися остановить его продвижение. На выбор даётся один из трёх чудовищ: Excidio, Golem или Raijin. Действие происходит на 4 уникальных картах, созданных по мотивам реальных локаций и содержащих множество интерактивных городских объектов. Ключевая механика заключается в передвижении сквозь постройки, от которых остаются лишь руины. Чтобы задокументировать результаты, в проекте предусмотрен фоторежим с набором инструментов и фильтров для создания снимков с различных ракурсов.