Katanaut отправляет игрока на борт гигантской космической станции, обитатели которой превратились в чудовищ. Персонажу Науту предстоит перемещаться по опасным залам сооружения в поисках источника космического хаоса, поглотившего весь комплекс. Продвижение вглубь объекта открывает взору постоянно меняющиеся и все более искаженные локации. Сражения с бывшими людьми основаны на системе ближних атак клинком и защитных уклонений, помогающих пережить столкновения с ордами противников.

Гибель персонажа Katanaut не означает конец, поскольку процесс манипуляции временем возрождает Наута для следующей попытки. На территории разбросаны фрагменты памяти павших, функционирующие как разблокируемые умения и таланты. В этом сеттинге будущего новые способности загружаются по требованию после обнаружения в таких реликвиях. Данная система позволяет постепенно накапливать боевые опции и улучшения для протагониста в ходе игры.

Каждый спуск вниз бросает новый вызов благодаря постоянно меняющимся маршрутам и расположению недругов. Прогресс между экспедициями сохраняется через найденные осколки воспоминаний, а лифты служат для перехода на более глубокие уровни. Со схватками можно справляться как с помощью точных ударов клинком вблизи, так и атакуя врагов с безопасной дистанции. Каждое противостояние дарит геймеру уникальный игровой опыт, разворачиваясь в мерцающих коридорах и пустых секторах разрушающегося комплекса.