Cell Command — это пошаговая тактическая игра, события которой происходят в микроскопической вселенной, атакованной вирусом. Игрокам нужно командовать клеточными юнитами на игровом поле, где передвижение удлиняет существ, а атаки — сокращает. Эта механика позволяет создавать длинных извивающихся бойцов, способных блокировать пространство и окружать врагов. Новые отряды появляются через сплайсинг ДНК-нуклеотидов A, C, G и T, что открывает доступ к множеству типов комбатантов.

В игре Cell Command управление картой — ключевой элемент геймплея. Ваши клетки могут строить мосты для дальнобойных юнитов, чтобы те атаковали издалека, или проделывать проходы на локации для захвата противников. Расстановка бойцов крайне важна: формирование определённых фигур их вытянутыми телами даёт бонусы к урону. Разные командиры, такие как Берг, чьи отряды скользят по полю и таранят врагов, предлагают уникальные тактические подходы. Также можно комбинировать эффекты вроде яда, радиации и шипов для создания мощных синергий.

Проект включает 4 режима с тремя уровнями сложности в каждом и разнообразными заданиями. Постоянная система прогрессии позволяет исследовать перманентные улучшения, которые сохраняются между игровыми сессиями. Во время миссии подконтрольных существ можно дополнительно усиливать генетическими модификациями, расширяя их потенциал. Противник тоже эволюционирует и приобретает собственные мутации, что заставляет игрока постоянно адаптировать стратегию. Игровой процесс в Cell Command можно сохранить в любой момент для продолжения в удобное время.