Croakoloco предлагает игровой процесс в жанре idle, где главная цель — собрать собственную коллекцию амфибий. Игроки наблюдают за цифровыми лягушками, которые перемещаются по своей среде, квакают и ловят мух. Основная задача в игре Croakoloco — постоянно расширять это собрание, приобретая различные виды земноводных, от самых обычных до редких экземпляров. Для достижения целей по пополнению коллекции необходимо грамотно управлять ресурсами.

Накопленные в игре монеты можно потратить во внутриигровом магазине Croakoloco на покупку наборов с амфибиями, которые пополнят среду обитания новыми обитателями. Альтернативный способ взаимодействия — режим Froggy Mode, который позволяет напрямую управлять выбранной лягушкой: прыгать, издавать звуки и охотиться на особых золотых мух. Поимка таких мух приносит дополнительные монеты и очки опыта, недоступные при пассивном наблюдении. Этот режим добавляет в игру более активный и практический элемент.

Прогресс в игре Croakoloco тесно связан с взрослением амфибий: повзрослев, они получают случайные бонусы. Эти усиления влияют на стратегические решения: одни могут увеличить награду за поимку золотых мух, поощряя активную игру, а другие — дать шанс на автоматическую генерацию корма, что облегчает пассивный прогресс. Особи из более дорогих наборов часто обладают особыми чертами, предоставляющими весомые преимущества. Кроме того, в игре доступна система разведения, позволяющая создать пару из двух взрослых экземпляров.