Crystal matrix переносит нас в 2123 год, когда Земля столкнулась с тотальным энергетическим кризисом, погрузившим целые континенты во мрак. В поисках спасения человечество обратило взоры на планету Геракл, где были зафиксированы необъяснимые энергетические всплески. Спустя десятилетие разработок новой технологии межзвездных перелетов, первые экспедиционные отряды высадились для добычи ресурсов. Однако миссия мгновенно столкнулась с угрозой: из недр планеты вырвались гигантские насекомые, атаковавшие добывающие комплексы и вынудившие людей срочно возводить оборонительные периметры.

Игровой процесс Crystal matrix основан на тактическом планировании обороны против орд насекомоподобных тварей. Игроку необходимо размещать на карте различные защитные башни и оснащать их цветными энергетическими кристаллами, определяющими тип атаки сооружения. Враги движутся по фиксированным тропам к человеческой базе, становясь мишенями для построенных укреплений.

Уничтожение противников приносит энергию — игровую валюту для апгрейда кристаллов, усиления их мощности и радиуса поражения. Ключевая задача в этой игре — защитить базу от захвата, уничтожив всех врагов до того, как они достигнут цели. Игрокам предстоит гибко менять тактику обороны, учитывая уникальный ландшафт и пути атаки на многочисленных картах. Для каждой локации в Crystal matrix доступны десятки уровней сложности. Сюжетная кампания разворачивается в пяти различных биомах: пустыни, леса, холмы, заснеженные равнины и темные зоны.