Deus Ex: GMDX представляет собой глубокую переработку механик классической игры, оставляя нетронутой её основную сюжетную канву. Игрок получает возможность преодолевать низкие препятствия и пользоваться прицеливанием, что значительно расширяет тактический арсенал как в бою, так и при изучении локаций. Обновлённая ролевая система включает новые уникальные умения, расширенные варианты модификации оружия и переработанный набор аугментаций. Искусственный интеллект стал гораздо сообразительнее: враги теперь могут заходить с флангов, вести подавляющий огонь и использовать разрушаемые элементы окружения в качестве укрытий. Также были доработаны алгоритмы поиска пути и реакции на тревогу. Вся эта работа направлена на исправление множества технических недочётов и проблем геймдизайна оригинальной игры, не внося изменений в сюжет или квесты.

Геймплей Deus Ex: GMDX также обогащён улучшенным интерфейсом и расширенными настройками. Интерфейс теперь предлагает быстрый доступ к инвентарю и возможность смены цветовых схем дисплея, давая игроку больше контроля над отображением информации. Уровень сложности можно тонко настроить с помощью специальных опций, влияющих на различные аспекты игрового процесса. Эти изменения пересматривают баланс между навыками персонажа, оружием и аугментациями, заставляя игровые системы взаимодействовать по-новому. В целом, модификация предлагает проработанный фундамент с ключевыми улучшениями, которые добавляют стратегическую глубину в рамках хорошо знакомого сюжета и игрового мира.