Dragons Reef предлагает игроку возглавить собственный корабль, чтобы защищать морские просторы от пиратских набегов. В этой игре можно выбрать одного из восьми капитанов, каждый из которых обладает двумя уникальными навыками, поддающимися улучшению для решения будущих задач. Стратегия строится вокруг управления 24 особыми артефактами; одновременно можно активировать четыре, что напрямую влияет на успех миссии. Рядом с кораблем летит дракон-компаньон, помогающий в сражениях и расчищающий путь от некоторых водных преград.
Геймплей Dragons Reef разделен на 10 уровней, каждый из которых представляет отдельный режим и обладает элементом случайности, повышающим реиграбельность. Сценарии включают защиту драконьих яиц в стиле tower defense, сопровождение союзных конвоев и уничтожение вражеских укреплений. Среди других активностей — захват ключевых точек, охота на воров и задание, похожее на захват флага с бочками энергии. Также в игре Dragons Reef есть два уровня, где предстоит подчинить себе целую пиратскую фракцию.
Сражения ведутся с видом сверху и требуют тактического маневрирования для эффективного применения восьми видов магических пушечных ядер. Помимо пиратов, постоянную угрозу представляет сама среда. Огромные морские чудовища патрулируют воды, способные протаранить и преследовать корабль, нанося урон. Дополнительные сложности создают навигационные препятствия и территориальные драконы, атакующие при нарушении их границ. Эта игра позволяет собирать кристаллы для улучшения своего судна и открытия новых специальных способностей.