Hatsune Miku Logic Paint S+ предлагает игрокам более 1000 логических головоломок. Геймерам предстоит присоединиться к Мику и другим персонажам Piapro, расшифровывая числовые подсказки и заполняя сетки для формирования итогового изображения. Эта игра предлагает несколько форматов пазлов, включая стандартные поля и особые головоломки, открывающие детализированные иллюстрации.

Успешное завершение уровней приносит разнообразные награды, включающие новые костюмы для героев и предметы обстановки для личной комнаты. Внутри Hatsune Miku Logic Paint S+ поля для решения представлены в нескольких размерах, начиная от 10x10, 15x15 и до 20x20 для стандартного геймплея. Игровой процесс также включает особые пазлы, представленные на более крупных сетках 75x75 и 100x100. Завершение этапов с конкретными героями открывает доступ к коллекции из более чем 30 иллюстраций от различных художников.

Во время прохождения каждого уровня действующие лица находятся рядом и подбадривают своими репликами. Тайтл содержит обширные системы настройки внешности главгероев и личного пространства. Можно наряжать действующих лиц в различные костюмы, добытые в процессе прохождения, и свободно расставлять мебель в отдельной комнате. Еще одна система прогрессии завязана на сборе звезд за выполнение заданий. Накопление достаточного числа звезд открывает доступ к библиотеке из 30 песен, предложенных фанатами и официально отобранных Piapro, доступных для прослушивания во время решения пазлов.