Градостроительный симулятор Kainga: Seeds of Civilization переносит игрока в фантастический мир, где обитают вымышленные существа и присуща магия. Каждая сессия происходит в опасных местах, где опасные звери, погодные условия или другие племена могут уничтожить жителей города игрока. В новом прохождении меняется культура, технология, внешний вид строений и горожан из-за разной местности и погоды.

По мере продвижения меняются этапы, показывающие текущий прогресс и развитые технологии фракции. В городе всегда появляется персонажи "Мыслитель". Он медлителен и слаб, но способствует развитию, поскольку благодаря ему можно исследовать новые технологии. Также он руководит кланом, а без него всё рухнет. Его потребуется защищать, иначе процесс завершится неудачей. Герой пользуется энергией, позволяющей создавать технологии, помогающие развиваться. Фестивали и праздники людей восстанавливают его ману.

После начального этапа пользователь столкнется с набегами и нападениями со стороны агрессивных животных и других племен. В казармах и других строениях можно рекрутировать воинов. Определенные юниты могут приручать зверей. Каждое приключение генерирует новую локацию, противников, древо прогресса, погодные условия и другие аспекты геймплея. Спасенные мыслители дадут больше возможностей для дальнейших путешествий.