Kokoro Clover SUN - Prehistoric Invaders! — это вторая глава серии, выполненная в стилистике проектов 2000-х годов. Игра гармонично сочетает сегменты визуальной новеллы, раскрывающие сюжет, и отдельные схватки с боссами, необходимые для развития истории. Основной сюжет повествует о путешествии главных героев в доисторическую эпоху, где злодеи замышляют разрушить будущую временную линию. Для удобства игроков проект включает 5-минутное резюме, освещающее ключевые события предыдущей части серии.

Сюжет игры Kokoro Clover SUN - Prehistoric Invaders! начинается с того, как Треффи и ее друзья встречают динозавра, нуждающегося в помощи, что заставляет их отправиться в эпоху динозавров. Там они сталкиваются с антагонистом, решившим переписать историю и уничтожить будущее, из которого прибыли герои. Этот выпуск представляет собой полноценную историю, продолжающую события первого сезона. Чтобы противостоять угрозе, протагонистам приходится использовать тематические дино-трансформации для самозащиты. Игра также содержит элементы платформера.

Геймплей сфокусирован на битвах с боссами, реализованных в формате двумерных экшен-сцен. Эти сегменты разработаны с учетом доступности для разных стилей игры, предлагая испытания в виде напряженных противостояний. Особенность механики позволяет игроку получить временную неуязвимость для персонажа, выполнив танцевальное движение во время боя. Кроме того, тайтл включает специальные эпизоды с 1 по 4, которые предлагают дополнительный контент помимо основной кампании, значительно расширяя игровой опыт.