В игре Mercury Fallen команда колонистов, включающая техников, ученых и археологов, прибывает для изучения загадочного объекта. Некогда это место было передовым центром по созданию робототехники и искусственного интеллекта, но, согласно слухам, машины подняли мятеж против персонала. Теперь комплекс пустует, населен лишь скрытыми угрозами, которые сложно обнаружить. Поскольку каждая тень может таить опасность, игроку предстоит укреплять и развивать свою базу. Уровень развития главного героя определяет доступные постройки: от медицинских блоков и лабораторий до различных технических модулей.

Ключевой элемент геймплея Mercury Fallen — это масштабные раскопки. Чтобы найти древние артефакты и рукописи, проливающие свет на историю базы, копать нужно глубоко и тщательно. Археологические изыскания также позволяют добывать полезные ископаемые для развития колонии. Игроки смогут конструировать роботов, которые с помощью лазеров будут прокладывать путь в мрачных подземельях. Периодически команде придется совершать вылазки на поверхность для сбора ресурсов, и каждая такая экспедиция грозит обернуться серьезными испытаниями. Помимо раскопок, важную роль в этой игре играет сельское хозяйство: развивая навыки, можно открывать новые культуры и обеспечивать базу продовольствием.