Mystopia — это игра-песочница, где основой геймплея является создание миров через размещение блоков. Игрок строит окружение, выполняя задания существ по имени Мони, которые выдают объекты для строительства. Эти создания устанавливают свои правила, требуя выдерживать дистанцию между определенными элементами и запрещая соседство других. За выполнение их просьб открываются новые типы блоков и появляются другие Мони.

Режим Саги предлагает прохождение с четкими заданиями, рассчитанное примерно на 23 часа. Помимо сюжетной кампании, игра Mystopia включает Обычный режим без финала. В нем игрок добывает ресурсы с помощью Фонаря, захватывая души, и может находить особые места, такие как Магазин Пентаграммы, открывающий новые возможности. Также доступен Котел для смешивания трех предметов с целью создания зелий с разными эффектами, например, уменьшающих предметы или превращающих их в золото.

Этот вариант геймплея позволяет бесконечно заниматься строительством и сбором ресурсов. Третья опция — Творческий режим — предоставляет неограниченные ресурсы и снимает все цели. Этот подрежим поощряет свободное созидание, позволяя экспериментировать со всеми доступными элементами. Можно создавать острова и комбинировать компоненты в своем ритме. Также допускается соединение определенных объектов, таких как рельсы или тотемы, для формирования более масштабных и сложных конструкций в любом из режимов игры.