Сюжет игры Roots of Pacha рассказывает о человеке, который после долгих скитаний по диким лесам решает обрести свой дом. Его цель — основать поселение, привлечь сородичей и заложить фундамент для будущих поколений. Совместный режим позволяет объединиться с друзьями, чтобы вместе строить древний мир, открывать первые технологии и менять судьбу своего племени.

Чтобы выжить в этой игре, нужно добывать пропитание, выращивать урожай, приручать и разводить животных. Главный герой может стать первым в истории фермером, придумывать праздники, искать любовь и совершать множество других деяний. Поскольку протагонист — первобытный человек, ему предстоит активно исследовать мир, изучать свойства растений и повадки зверей. Эти знания помогут избегать угроз, развивать интеллект и совершенствовать быт. Часть животных настроена враждебно, но некоторых можно одомашнить для получения ресурсов.

Приключение в Roots of Pacha начинается с открытия неизведанных земель. Герой изобретает инструменты, генерирует идеи и создаёт вещи, способные изменить будущее всей планеты. От решений игрока зависит, каким станет человечество. Помимо главного персонажа, в мире существуют другие племена и группы, готовые к сотрудничеству, нейтральному сосуществованию или конфликту. Хотя в каменном веке не было изысков, игрок может менять внешность героя и развивать его навыки.