Sophonce рассказывает историю Мэтью — суперсолдата, созданного в инкубаторе и отправленного в 2973 году на планету Посейдон. В одиночку он должен расследовать сигнал бедствия с научной станции, куда бесследно исчез предыдущий отряд. Действие этой игры происходит в будущем, где человечество, ставшее бесплодным из-за чужеродного вируса, вынуждено массово прибегать к искусственному воспроизводству. Это привело к появлению людей без души — научно доказанный факт за столетия до начала сюжета. Главный конфликт игры сосредоточен на попытках Мэтью раскрыть тайну аванпоста в галактике Черный Глаз.

Боевая система в Sophonce объединяет телекинетические способности и оружие, управляющее стихиями. Тактическую глубину сражениям придает Режим Рефлекса, который замедляет время, позволяя игроку получить преимущество. В распоряжении игрока оказывается обширный арсенал с уникальными характеристиками, которые можно менять с помощью специальных боеприпасов. К ним относятся стазисные, пиротехнические, гравитационные, шоковые и разломные снаряды, подходящие для определенных видов оружия. Такое разнообразие обеспечивает множество вариантов прохождения и требует тщательного подбора экипировки под каждого противника.

Сюжет игры Sophonce затрагивает глубокие философские темы, связанные с концепцией души. Еще в 2222 году технологии окончательно доказали ее существование и наличие высшей силы, что навсегда изменило общество. Личная драма Мэтью, главного героя, лишенного души, напрямую переплетается с этим открытием. Развитие истории зависит от решений и поступков игрока, ведущих к одному из нескольких возможных финалов. Повествование раскрывает эти сложные идеи через призму существа, созданного без души, но вынужденного существовать в мире, где ее реальность не подвергается сомнению.