The Binding of Isaac: Repentance представляет собой масштабное обновление, которое объединяет оригинальную игру и все предыдущие дополнения, а также добавляет множество нового контента. Сюжет игры, как и раньше, вдохновлён библейской историей об Аврааме и Исааке. Визуальный стиль и движок были доработаны, что сделало геймплей более плавным и приятным. Теперь в игре доступны четыре ключевых персонажа: Азазель, Эдем, Лазарь и Потерянный. Азазель начинает с небольшой серой. Эдем стартует со случайными характеристиками. Лазарь обладает двумя жизнями, а Потерянный открывается только после выполнения особых условий.

В игре "The Binding of Isaac: Repentance" представлено:

• Более 500 часов игрового процесса;
• 20 испытаний на время;
• Свыше 450 предметов, включая 160 секретных;
• Более 100 типов врагов;
• 25 новых противников и 16 боссов;
• Несколько слотов для сохранений;
• Режим кооператива для двух игроков.

Среди новых артефактов появились такие предметы, как Лёгкое Монстро, Слив, Чёрные и Красные свечи и многие другие. Характеристики некоторых героев остались без изменений, но других пришлось серьёзно перебалансировать. В игре The Binding of Isaac: Repentance присутствует секретный босс по имени Молчание. Столкнуться с ним можно только в том случае, если победить финального босса на уровне Мамино Сердце менее чем за 30 минут. Поскольку игра создавалась на обновлённом движке, часть механик была удалена или заменена на новые.

Изменения в игровой механике и интерфейсе:

• Возможность сохранения прогресса;
• Два уровня сложности: обычный и тяжёлый;
• Управление мышью убрано, но добавлена поддержка геймпадов;
• Шкала здоровья теперь ограничивает количество сердец душ;
• Можно иметь до шести спутников одновременно;
• За быстрое прохождение открывается Комната испытаний;
• Комната Ангела становится доступной после накопления определённого количества веры.