Wizdom Academy ставит игрока на место директора, ответственного за возведение и работу школы для волшебников. Процесс начинается со строительства зданий заведения, создавая фундамент для обучения. Ключевая задача — привлекать людей в качестве студентов, а также нанимать персонал на должности преподавателей в академию, формируя состав школы с самого начала. Первоначальный этап постройки готовит почву для последующего расширения и выбора специализации.

Задачи управления в Wizdom Academy простираются значительно дальше обычного строительства, концентрируясь на наблюдении за прогрессом учеников и общении с персоналом. Взаимодействие со студентами и преподавателями позволяет узнать их предыстории и личные черты по мере их обучения. Эта игра включает цели, связанные с выполнением требований попечительского совета и изучением тайн, окружающих сам институт. Личностный рост подопечных напрямую связан с проведенным временем и последовательностью занятий в стенах заведения, что сказывается на их способностях и чертах характера в будущем.

Контроль запасов строится вокруг Маны — элемента, нужного для множества школьных процессов, количество которого постоянно меняется во время прохождения. Необходимо активно собирать этот ресурс, придумывать способы его хранения и аккуратно распределять для обеспечения работы разных систем академии и для магии. Геймплей предлагает ситуации с дефицитом Маны, требуя от руководителя продуманных действий и внимательного руководства, чтобы пережить периоды нехватки. Стратегические решения становятся необходимы при столкновении с недостатком ресурсов и прочими сложностями в жизни академии.