Главная задача в After Long Night — обустроить защищённое убежище посреди разрушенного мегаполиса. Местные постройки служат главным источником материалов: небоскрёбы разбираются на балки и кирпичи, а брошенные автомобили поставляют сталь. Добыча ресурсов составляет основу стратегического цикла, где днём идёт подготовка к регулярным ночным нападениям зомби. Игрокам предстоит возводить и укреплять базу для выживания в таких условиях.

Подопечные в After Long Night получают важные поручения: изготовление оружия, выращивание урожая, готовку еды и строительство защитных сооружений. В геймплее отсутствуют показатели счастья или морального духа — акцент смещён на практическую пользу и боеготовность. Ополчение формируется из обученных бойцов с конкретными ролями на поле боя. Стрелки на передовой ведут огонь на подавление, расчёты РПГ уничтожают скопления врагов, а танки прорываются сквозь плотные ряды нежити. Конечная задача — собрать внушительную военную мощь.

Экранный радар оповещает геймера о надвигающейся угрозе, давая сигнал к началу боя. Для успешной обороны необходимо тактически грамотно расставлять отряды и укрепления, в том числе баррикады и автоматические турели. Пехоту, танки и артиллерию можно объединять в скоординированные группы для реализации планов по отражению натиска противника. Для разнообразия игрового процесса проект предлагает режимы Испытание и Бесконечный. Отдельный Чит-режим снимает все лимиты, позволяя свободно экспериментировать с разными боевыми ситуациями без каких-либо рамок.