S.T.A.L.K.E.R.: Call of Prypiat - Enhanced Edition ставит игрока в роль майора Дегтярёва, сотрудника спецслужбы, направленного в Зону под прикрытием. Его задача — выяснить причины провала военной операции и исчезновения отряда. События разворачиваются в районе Припяти, где всё пронизано опасностями: аномалии, радиация, враждебные группировки и нестабильная обстановка.

В STALKER: Call of Prypiat - Enhanced Edition каждое действие имеет последствия. Геймеру приходится ориентироваться не только в диалогах, но и в поведении окружающих. Решения напрямую влияют на развитие событий. Шутер требует внимательности, умения обращаться с ограниченными ресурсами и понимания, как работают группировки внутри Зоны. При продвижении вперёд майор сталкивается с одиночками, наёмниками и военными, за разговорами с которыми постепенно открывается истинная подоплёка произошедшего. Эта версия получила серию технических доработок.

Обновлены интерфейсные элементы, устранены баги, переработаны визуальные эффекты. Всё это сделано для того, чтобы не мешать погружению в атмосферу. Геймплей остался прежним: исследование сменяется стычками, союзники могут внезапно стать врагами, обстановка постоянно меняется. Днём легче передвигаться, ночью приходится быть особенно осторожным. Зона нестабильна. Карты теряют актуальность, знакомые маршруты становятся смертельными. Радиационные поля перемещаются, сталкеры исчезают без следа, доступ к припасам может исчезнуть в любой момент. Продвигаясь глубже, юзер сталкивается с фрагментами правды, за которыми скрыта главная причина провала экспедиции — и она смертельно опасна.