ZOE Begone! помещает героиню Зои в противостояние с вредным Аниматором в мире, стилизованном под рисованную на плёнке анимацию 1930-х годов. Основная цель героини — вернуть себе покой, уничтожая творения и инструменты Аниматора. Сражения проходят на зацикленных аренах, где геймеры применяют комбинацию из стрельбы, рывков и мощных ударов по земле. Геймплей сочетает механики твин-стик шутера и экшена в формате «беги и стреляй». Успех зависит от умения маневрировать в плотных потоках вражеских снарядов и истреблять волны нарисованных вручную оппонентов.

Ключевая игровая механика ZOE Begone! построена на сборе яблок с поверженных недругов для прокачки по ходу прохождения. Между уровнями эта валюта расходуется на усиление базового вооружения, покупку особых боеприпасов, щита или на увеличение скорости перемещения. Способность совершать рывки поддерживается лопанием разбросанных точек, пополняющих шкалу энергии. Эффективность действий отслеживается множителем очков, растущим при быстрых последовательных расправах над противниками. Своевременное перемещение между целями для сохранения комбо-цепочки — ключ к высоким позициям в сетевых таблицах рекордов.

Тайтл содержит 3 различных режима. В основной кампании игрокам предстоит проходить уровни, именуемые катушками, и тратить яблоки на различные улучшения. Формат Атака на время ставит задачу победить Аниматора за ограниченное время, заменяя магазин на коллекционные пузыри с бонусами и жетоны времени, выпадающие за серии убийств. Третий вариант — Битва с боссами, объединяющая все типы атак главных противников в одно продолжительное сражение. Для каждого формата предусмотрено 3 уровня сложности и отдельные списки лидеров.