Super Destronaut помещает игрока за штурвал боевого звездолета, которому предстоит сражаться с наступающими построениями инопланетных захватчиков. Управление кораблем осуществляется по горизонтали в нижней части экрана — это классическая механика, позаимствованная у аркадных шутеров 80-х годов. Главная цель в игре Super Destronaut — последовательно уничтожать волны врагов, движущихся по заданным траекториям, где за каждого поверженного противника начисляются очки.

В разгаре боя побежденные пришельцы иногда оставляют временные бонусы, которые мгновенно увеличивают скорострельность или площадь поражения снарядов, давая тактическое преимущество для зачистки экрана. Геймплей этой игры организован в нескольких форматах для одиночной игры. Классический режим предлагает чистый аркадный опыт, сфокусированный на наборе очков на бесконечных волнах. Режим «Атака на время» ставит задачу уничтожить как можно больше захватчиков в строго ограниченный период.

Вариант «Хардкор» меняет правила для более сурового испытания, увеличивая скорость или агрессию противников, проверяя на прочность реакцию и выдержку игрока. Этот формат обеспечивает повышенный уровень сложности для тех, кто ищет по-настоящему серьезный вызов. Помимо сольных испытаний, игра Super Destronaut поддерживает локальный мультиплеер для двоих в соревновательном формате. Этот режим позволяет устроить прямое противостояние на общем поле боя. Задача смещается с выживания против ИИ на то, чтобы переиграть живого соперника.