Choice of Rebels: Uprising ставит задачу возглавить бунт против тиранической империи. Геймеру отводится роль предводителя изгнанников, действующих из лесной глуши. Ключевая цель — пережить первую суровую зиму, для чего необходимо добывать ресурсы во избежание голода среди соратников. Основной конфликт строится вокруг превращения небольшой группы в армию, способную покончить с властью Гегемонии, основанной на кровавой магии. Весь геймплей основан на принимаемых решениях, направляющих развитие событий.

Сюжет в Choice of Rebels: Uprising полностью управляется действиями игрока. Для продвижения требуется вербовать сторонников из разных социальных слоёв, включая йоменов, илотов, торговцев и жрецов. Протагониста можно развивать как мага-самоучку, генерала или мистического жреца, выбрав предысторию аристократа-отступника или непокорного раба. Принятые решения определяют, кто станет соратником, а кто — врагом, напрямую определяя дальнейшую судьбу сопротивления в этой интерактивной истории.

Помимо конфликта с Архонтом империи и его кровавыми магами, эта игра представляет и внутренние угрозы. Предстоит выявлять шпионов, справляться с предательством и подавлять бунты в рядах повстанческого движения. Предусмотрены романтические линии с товарищами-инсургентами и возможность реформировать имперскую религию. Поступки формируют репутацию сострадательного идеалиста или безжалостного бунтаря, а также требуют выживать в столкновениях с ассасинами и псами-мутантами Плектой, создавая уникальный сюжетный опыт.