Metaphobia представляет собой классический квест в жанре point-and-click, где игрок управляет главным героем, Ричардом Элмстатом. Геймплей этой игры строится на исследовании локаций, взаимодействии с предметами и ведении диалогов с персонажами. Основная задача в проекте — распутать сложное дело о насильственной смерти. Сюжет игры сосредоточен на личном расследовании Ричарда, который пытается выяснить правду о гибели своего отца.

События в Metaphobia разворачиваются вскоре после убийства Карла Элмстата, только что избранного мэром. Власти быстро находят, арестовывают и осуждают человека, представленного как обычного вора, формально закрывая дело. Однако сын погибшего, Ричард, сомневается в официальной версии и поспешном завершении расследования. Он начинает собственный поиск, чтобы докопаться до всех обстоятельств смерти отца, подозревая в причастности Эдварда Рабана, политического соперника Карла.

В ходе самостоятельного расследования Ричард обнаруживает, что официальные объяснения могут скрывать более глубокие и тёмные мотивы. Его изыскания указывают на то, что истина лежит гораздо глубже поверхности городской жизни, намекая на многослойную и запутанную ситуацию. Прогресс в этой игре предполагает посещение множества уникальных локаций и общение с более чем двадцатью персонажами, так или иначе связанными с делом. Путь Ричарда в Metaphoria ведёт к раскрытию запутанной реальности, стоящей за убийством мэра.