События игры Primal Hearts 2 разворачиваются в стенах академии Айношима, куда прибытие нового ученика обостряет старые противоречия. В эпицентре конфликта оказывается студент-переводчик, вынужденный лавировать между двумя враждующими советами — Гекка и Тендо. Эти фракции, отстаивающие противоположные взгляды учеников, ведут непрерывную войну чужими руками, и решение главного героя способно стать решающим. Напряжение нарастает: каждая сторона стремится заручиться поддержкой новичка, чтобы утвердить своё господство в школе.

Консервативный совет Гекка возглавляет Алисетия — президент, искренне стремящаяся к лучшему, но испытывающая трудности в общении. Более прогрессивный совет Тендо ведёт Усаги, бывшая модель и нынешний кумир студентов, чья внешняя беззаботность скрывает сложную натуру. Им помогают такие персонажи, как компетентный вице-президент Гекка Маширо и жизнерадостная секретарша Тендо Татеха, которые из-за кулис пытаются управлять нарастающим хаосом.

Главный герой Primal Hearts 2, будучи 777-м учеником, оказывается в центре всеобщего внимания. Школьное сообщество пристально следит за каждым его шагом, ведь его голос может наконец разрешить многолетний тупик. Эта ситуация задаёт динамичное развитие сюжета, где протагонисту предстоит разобраться в хитросплетениях интриг и высоких ставок. По мере погружения в игру альянсы будут меняться, а личные отношения героя — усложняться, открывая новые грани повествования.