В игре Puzzles For Clef игроку предстоит отправиться в увлекательное приключение, взяв под контроль кролика по имени Клеф. Действие этой игры разворачивается на загадочном небесном острове в мире фэнтези. Получив письмо от своей сестры Крес, главная героиня Клеф пускается в путь. Из послания она узнает о спрятанных сокровищах на острове её предков и решает их найти. Хотя эти места ей знакомы, впереди ждут многочисленные испытания и преграды.

Сюжет игры Puzzles For Clef повествует о крепкой сестринской любви. Две родные души вынуждены общаться на расстоянии, отправляя друг другу письма, в которых делятся тоской. Получив новое послание от Крес, протагонистка отправляется на остров предков, чтобы разыскать утраченное наследие. В своем путешествии она будет сталкиваться с остроумными головоломками, раскрывать тайны и постепенно узнавать историю собственной семьи.

Игровой процесс делает основной акцент на решении разнообразных головоломок. Для этого игроку нужно активно взаимодействовать с окружающим миром: исследовать локации, подбирать предметы, активировать механизмы и применять логику. Клеф встретит лорда острова и его обитателей. Каждая зона обладает уникальным дизайном и собственными секретами, причем многие из них не обязательны для завершения игры.