Мрачная обстановка в игре The Mortuary Assistant полностью погружает в будни сотрудника морга, выполняющего рутинную работу. Протагонист прибывает на новое место службы в Ривер Филдс, чтобы пройти обучение и получить практический опыт. Его наставником становится человек по имени Морттик, который помогает освоить тонкости ежедневных обязанностей, рассказывает о правильном бальзамировании и о том, как следует ухаживать за телами усопших.

Выполняя повседневные задачи в The Mortuary Assistant, игрок постепенно узнает леденящие душу истории о паранормальных событиях, связанных с умершими. Ему предстоит разбираться в тревожных слухах от местных жителей и самому столкнуться со сверхъестественными явлениями. Вскоре Морттик выходит на связь, подтверждая, что все ужасы — чистая правда. В морг начинают поступать новые тела, за которыми нужно внимательно наблюдать, пытаясь распознать признаки демонического влияния. Игрок будет осматривать покойников, тщательно анализировать находки и записывать всё в специальный блокнот. Эта игра мастерски сочетает в себе хоррор и симулятор, где необходимо принимать трупы и проводить их сортировку. Исследуя тела, игроки должны следить за их реакцией на различные эксперименты, которые решается проводить главный герой. В осквернённых останках таятся потусторонние сущности, жаждущие вырваться на свободу и подчинить себе живых.