Together We Live представляет собой визуальную новеллу, игра, в которой сюжет разворачивается линейно, без активного вмешательства игрока. Сознание Кёи проясняется в сумрачной комнате, где царит гнетущая тишина и ощущение полного запустения. Ошеломленный, он с трудом пытается осознать свое местоположение и вспомнить события, которые привели его сюда.

В этой игре Together We Live вскоре появляется девушка — неожиданная попутчица в заброшенном месте. Она сообщает Кёе шокирующую правду: их прежний мир уничтожен. Юноша встречает это известие скептически, оно кажется ему невозможным. Несмотря на сомнения, он принимает решение идти рука об руку с таинственной незнакомкой. Их путь лежит через опасные руины погибшей цивилизации, а целью становится слабая надежда обнаружить других уцелевших или любые следы жизни среди всеобщего разрушения.

У девушки, ставшей для Кёи проводником в опустошенном мире, есть особая, предначертанная миссия, определяющая всю ее жизнь. Ее священный и пугающий долг в рамках этого проекта — стать искупительной жертвой за грехи человечества. Ради этого она обречена на бесконечный игровой цикл мучений: ей суждено умирать и вновь возрождаться. Этот процесс повторяется с неумолимой регулярностью — десятки, сотни, тысячи раз она проходит через агонию смерти и последующее возвращение к жизни.