Warp Frontier отправляет игрока в далекий 2215 год. Капитан полиции Винсент неожиданно становится частью межзвездного заговора, цель которого — скрыть ужасные преступления времен войны. Прошлый конфликт разрушил его родную планету, забрав жизни близких и большей части населения.

Главный герой этой игры — заслуженный ветеран той войны. Неся службу капитаном, он охраняет порядок на орбитальных станциях-трущобах возле планеты Цетус, где родился и вырос. Расследуя одно из преступлений, он находит ключ к таинственному исчезновению тысяч людей, среди которых его первая жена и лучший друг. Протагонист объединяет усилия со своим напарником-роботом по имени МАК. Им предстоит иметь дело с сомнительными личностями и противостоять старому врагу, который до сих пор ведет незаконную деятельность.

Игроку в Warp Frontier предстоит разгадывать головоломки и двигаться по сюжету. Прохождение будет тесно связано с семьей главного героя, его противниками и союзниками. Развитие истории зависит от решений, принимаемых в диалогах и при исследовании локаций. Эти выборы могут спасти тысячи жизней или обречь их на гибель. В финале игры полностью раскроется личность капитана, показывая, каким он был отцом, партнером, другом, офицером и спасителем.