Lunar Eclipse стартует с пробуждения светловолосой героини в её родном доме, который теперь погружен в гнетущую тишину и полностью опустел. Эта тревожная перемена в знакомой обстановке заставляет её отправиться на поиски причин всеобщего исчезновения. Её путь пролегает через слабо освещённые локации и безлюдные коридоры, где могут таиться неведомые угрозы.

Движимая желанием понять новую реальность и судьбу остальных, она продолжает своё путешествие. Механика игры Lunar Eclipse сосредоточена на тщательном исследовании локаций, наполненных различными предметами, и решении взаимосвязанных головоломок. Игровой процесс требует от героини преодолевать физические препятствия: карабкаться по конструкциям, протискиваться в узкие проходы и перемещаться по вертикальным поверхностям в поисках пути. Решение этих логических задач становится ключом к пониманию сути происходящих событий.

Сюжет этой игры раскрывается по мере того, как протагонистка в одиночку продвигается сквозь мрачные и безмолвные зоны некогда привычного мира. Боевые столкновения представляют собой ближний контакт с агрессивными противниками. Основным орудием самозащиты служит кухонный нож, что делает каждый бой рискованным сближением с угрозой. Каждое действие игрока в таких стычках имеет немедленные последствия, превращая даже встречи с обычными врагами в напряжённые испытания, требующие точности. Ключевая цель — выжить в этих схватках, параллельно раскрывая тайну глобальных перемен и пропажи людей.