Mushroom Musume — это игра, в которой вы начинаете с того, что Отшельник получает от Лесной Ведьмы загадочную спору в горшке. Игроку предстоит примерить на себя роль родителя и направлять взросление грибной дочери, принимая важные решения. Каждый выбор в этой игре напрямую влияет на судьбу воспитанницы, ведя к одной из множества уникальных концовок. Проект выполнен в жанре интерактивной новеллы, где ваши поступки формируют сюжет и раскрывают тайны мира. Подобная структура позволяет менять угол зрения, в том числе увидеть события глазами других персонажей.

Каждая история приходит к своему завершению, что мотивирует начать всё сначала с новой спорой. Мир Mushroom Musume полон событий и знаний, которые открываются лишь после нескольких прохождений с разными героинями. Решения, принятые в процессе воспитания, могут привести к появлению определённого вида, например, Мухомора, или к более хищному образу жизни в качестве Кордицепса. Эта цикличная игра служит основой для исследования всего повествования и его разветвлённых путей, что постепенно складывается в целостную картину вселенной.

Завершение жизненного цикла воспитанницы приносит игроку Споры. Этот ресурс можно использовать между поколениями для открытия постоянных улучшений и приспособлений, облегчающих последующие попытки родительства. Вы можете разбить собственный сад, дающий постоянные бонусы будущим протеже, или воспользоваться кругом призыва для получения полезных артефактов. Внутриигровой Грибной Альманах также служит коллекцией, где хранятся воспоминания о прошлых воспитанницах и другие обнаруженные элементы, доступные для изучения.