Mystery Island: Missing Amy рассказывает историю Ады, отважной исследовательницы, которая ищет свою сестру, бесследно исчезнувшую несколько месяцев назад. Сюжет игры начинается с неожиданного селфи, полученного Адой, на котором пропавшая девушка запечатлена на фоне отдаленного острова с кроваво-красной морской водой. Это загадочное послание становится отправной точкой для опасного морского путешествия в поисках истины.

Героиня нанимает судно под командованием капитана с сомнительными намерениями и отправляется в плавание по бушующим волнам. Преодолев шторм, она наконец достигает берегов таинственного острова, давшего название игре Mystery Island: Missing Amy. Игроку предстоит исследовать эту локацию, известную своими багровыми водами и алым песком. Ада быстро находит тревожные улики: обломки самолета на скалах, человеческие останки в пещерах и все более странное поведение капитана, которое лишь усиливает напряжение.

По мере изучения острова становится ясно, что он не безлюден: из скрытых лабораторных комплексов доносятся звуки работающей техники. Эта игра требует от игрока предельной внимательности. Аде придется избегать вооруженных патрулей, проникать в секретные сооружения и скрытно перемещаться по охраняемой территории. Внутри она раскроет мрачные заговоры, пытаясь спасти сестру и выбраться с острова живой, избежав как его природных опасностей, так и зловещих тайн, скрытых в недрах. Геймплей Mystery Island: Missing Amy строится на решении головоломок и детальном расследовании.